La Vicedirección de investigación se encarga de administrar el proceso de investigación en el campo de la estrategia, seguridad y defensa fortaleciendo la investigación y la gestión del conocimiento en la Escuela, por medio de doce líneas principales: 

* Estrategia, defensa y seguridad nacional e internacional
* Educación, ética y liderazgo militar
* Modernización militar
* Derechos humanos, justicia y construcción de paz
* Estudios avanzados en arte operacional y practica de la guerra
* Tecnología e innovación en defensa