Sus orígenes se remontan al año 1909, cuando el Presidente de la República, General Rafael Reyes Prieto, decidió fundarla mediante Decreto 453. Su primer Director, el Mayor del Ejército chileno Pedro Charpin Rival, militar de sólida preparación profesional con estudios de Estado Mayor en Alemania, lideró el propósito de fomentar la instrucción de la oficialidad destinada al servicio de Estado Mayor, Ministerio de Guerra y especialmente a los oficiales dedicados a la enseñanza militar. 
La dirección chilena permaneció hasta comienzos de 1912. El primer Director de origen colombiano fue el coronel Alejandro Posada; posteriormente, cuatro misiones militares provenientes de Suiza, Alemania, Francia y Norteamérica aportaron su doctrina y experiencia para el enriquecimiento del ejercicio castrense nacional. 
En 1937, para el ascenso al grado de Teniente Coronel, se establece como requisito haber aprobado el Curso de Estado Mayor. Consecutivamente, en el año 1942, se incorpora el primer curso de oficiales de la Fuerza Aérea; en 1948 se instituye un Curso Especial para Oficiales Marinos y Aviadores y en 1959 se imparte el Curso de Altos Estudios Militares, CAEM, para ascenso a Brigadier General y Contralmirante. Posteriormente, en 1960, se ordena la realización conjunta del Curso de Estado Mayor, integrando así a los oficiales del Ejército, la Armada y la Fuerza Aérea; en 1968, se establece el Curso de Información Militar, CIM, con el fin de capacitar a los oficiales del Cuerpo Administrativo en su desempeño efectivo como miembros del Estado Mayor en aspectos técnicos de su especialidad. 
Con el propósito de divulgar el conocimiento de la seguridad y defensa nacionales a diversos sectores del Estado, en 1969 se crea el Curso de Información de Defensa Nacional, CIDENAL, al cual concurren altos funcionarios públicos, del sector privado y además, los coroneles de la Policía Nacional que están próximos a ascender a Brigadier General.  
Siguiendo el rumbo de su evolución en cuanto a la profesionalización de las Fuerzas Militares y a la transferencia de conocimiento a la sociedad,  la ESDEG actualmente, ofrece dentro de sus programas académicos de posgrado, la Especialización y la Maestría en Seguridad y Defensa Nacionales, esta última primera del sector defensa acreditada en alta calidad, la Maestría en DDHHH y DICA, la maestría en Estrategia y Geopolítica, la maestría en Ciberseguridad y Ciberdefensa y el Doctorado en Estudios Estratégicos, Seguridad y Defensa.  Adicionalmente contempla entre sus programas de extensión el Curso de Orientación sobre Defensa Nacional (CODENAL), orientado a los estudiantes de último año de las Instituciones de educación superior con las cuales la Escuela tenga suscritos convenios de cooperación académica, comprometidos con el futuro de la Nación y su problemática, encaminado a sensibilizar a los futuros profesionales en aspectos que conciernen a los procesos de Seguridad y Defensa Nacionales, para que contribuyan desde su campo de acción a la solución integral de la problemática nacional. 
En el mismo sentido, desarrolla foros, seminarios, conversatorios y otros eventos académicos, en procura de aportar a la difusión y del conocimiento de temas afines a la seguridad y defensa. 
Como resultado de la gestión desarrollada y del comprometido trabajo de quienes han hecho parte de sus dependencias, en el año 2011 la Escuela logra la recertificación de todos sus procesos, en las normas ISO 9001 y NTC GP 1000. Ratificación a la formulada bajo los mismos parámetros, en el año 2008 y gracias a la cual se puede asegurar que esta Institución de Estudios Superiores Militares se consolida como la de más alto nivel en el país y un modelo a seguir en el continente. 
En el 2012, el permanente compromiso de la Escuela Superior de Guerra con la generación de espacios para el intercambio de conocimientos y el debate argumentativo dio lugar al desarrollo de una serie de eventos académicos sobre temáticas afines a la seguridad y defensa, desde la perspectiva nacional, regional y global.  A nivel internacional, por ejemplo, la Escuela Superior de Guerra fue anfitriona   de la Trigésima Octava versión del Juego Naval Interamericano IAWG-2012; compromiso adquirido con  15 países integrantes de la Conferencia de las Escuelas Navales de las Américas, cuyo desarrollo impecable aportó a la generación de   aprendizaje colectivo para la aplicabilidad de las leyes internacionales y propias, al momento de actuar frente a temáticas de interés común,  tales como las  operaciones de mantenimiento de paz, la lucha contra el terrorismo, la piratería, el tráfico de personas,  el tráfico de sustancias ilícitas, la contaminación por derrames de combustible,  la atención de desastres naturales y sus consecuentes operaciones de asistencia humanitaria, entre otros. 
Así mismo, en el Primer Simposio Internacional sobre Estudios en Ética Militar se logró reunir reconocidos expertos en el tema, procedentes de Canadá, Estados Unidos, Francia, Alemania, Chile y Reino Unido, para complementar los procesos de investigación que se adelantan con otras instituciones de Educación Superior del país, como la Universidad Santo Tomás de Aquino, la Pontificia Universidad Javeriana, la Universidad Militar Nueva Granada y la Universidad La Gran Colombia. 
Adicionalmente, en alianza con las Universidades Sergio Arboleda, Santo Tomás y los Andes, se desarrolló el Seminario Internacional Derechos Humanos y Derecho Internacional de los Conflictos Armados ‘Una Mirada Constitucional’; escenario en el cual se analizaron los elementos de orden jurídico que intervienen en el conflicto armado y cómo el Estado y sus Fuerzas Militares deben actuar en este contexto. 
Convencidos de la necesidad de facilitar espacios para dar a conocer temáticas de actualidad e interés, que enriquezcan la formación integral de los integrantes de nuestra comunidad académica, se desarrolló una variada gama de actividades tipo conferencia, seminario, conversatorio, panel y diplomado, buscando a través de diversas modalidades pedagógicas para la mejor comprensión de los contenidos.  
De manera especial, la Escuela Superior de Guerra fomenta espacios de reflexión en torno a la dimensión humana de nuestros alumnos, promoviendo el liderazgo, la comunicación asertiva, el compromiso y el sentido ético de todas sus actuaciones. Se reiteró la importancia de recordar el rol fundamental que cumple el núcleo familiar; para ello, se diseñó y adelanto el Diplomado de Familia y otras actividades para contribuir en el fortalecimiento de los hogares, como base de la sociedad que se está defendiendo. 
Paralelamente, se busca asegurar la coherencia de nuestra identidad e imagen corporativa, al asumir el reto de aplicar un enfoque estratégico en la manera de comunicarnos con nuestros diferentes grupos de interés.  Lo anterior, conllevo a elaborar y/o revisar lineamientos relacionados con el tema; protocolos debidamente planeados para incrementar visibilidad en el entorno institucional con miras a contribuir al fortalecimiento de la imagen y el reconocimiento de la Escuela Superior de Guerra. 
A este respecto, vale mencionar que se gestionó el registro de la ESDEG como fuente aliada del Centro Virtual de Noticias (CVN) del Ministerio de Educación Nacional, un espacio que facilita la promoción de información generada en el diario quehacer formativo y cultural del Instituto, con miras a fortalecer su posicionamiento como validador principal en temas relacionados con la seguridad y defensa. En el mismo sentido, al crear y obtener el registro de marca de nuestro Sello Editorial, se pretende unificar la imagen de las publicaciones académicas, bajo criterios exigentes de calidad que incentiven la investigación y difusión del saber adquirido. 
En cada uno de los procesos adelantados, el soporte de las nuevas tecnologías ha sido determinante; en este campo, se rediseño el portal en internet y se migro al dominio de sector educativo con el propósito de fortalecer nuestra imagen.  
En este mismo sentido, se propuso el incremento de la cultura informática, mediante un convenio con Microsoft, para el uso de la plataforma It Learning; herramienta que permitió a todos los alumnos realizar “presencialidad asistida por tecnología” (PAT) el curso básico y/o avanzado de office, con miras a incrementar sus competencias profesionales y la capacidad tecnológica. 
Con propósitos similares, se adelantó la implementación del Campus Virtual, mediante el programa piloto con el Curso de Información Militar CIM-2012. Esta plataforma se proyecta como uno de los principales desafíos para nuestra comunidad académica, en procura facilitar sus procesos educativos a través de las mejores prácticas tecnológicas. 
Otro de los frentes en los que se avanzó notablemente, fue el de la adecuación de instalaciones, en un esfuerzo por mejorar el ambiente laboral y de estudio. Es así como se gestionó la remodelación de la Decanatura Institucional y de los departamentos de Ejército y Estrategia. Igualmente, se logró la “Construcción, adecuación y dotación de las nuevas instalaciones para la Escuela Superior de Guerra”, la que contempla una infraestructura moderna, que consta de dos torres, dotadas de aulas, bibliotecas salas de estudio y auditorios, cada una de estas torres con siete pisos. De otra parte, actualmente se inició la construcción de un auditorio con capacidad para 620 personas. 
Con todas estas acciones, más otras muchas que no se mencionan, puede evidenciarse los resultados de un proceder con mentalidad de equipo, pensando en el logro de esa visión compartida que motiva a explorar modalidades innovadoras para cumplir la misión impuesta con lujo de detalles, seguros de la gran responsabilidad que nos ha sido confiada, más aún en el momento histórico que nos ha correspondido asumir.  
El 27 de abril de 2016, el Comando General de las Fuerzas Militares de Colombia expidió la DISPOSICIÓN Número 016 de 2016, por la cual se cambia la denominación del nombre de la Escuela Superior de Guerra complementando el nombre con el sufijo “General Rafael Reyes Prieto” , como reconocimiento y homenaje a quien fuera presidente de Colombia en 1909, año en el que se crea la Escuela Superior de Guerra con el objetivo de fomentar la instrucción de la oficialidad del Ejército y formar oficiales docentes. 
EL ARTÍCULO 9 DE LA DISPOSICIÓN No. 016 de 2016 reza: 
ARTÍCULO 9'. Cambiar de denominación la Escuela Superior de Guerra, por Escuela Superior de Guerra "General Rafael Reyes Prieto". 
El bautizo de la Escuela Superior de Guerra con el nuevo nombre de “General Rafael Reyes Prieto” se oficializó en ceremonia especial realizada el 04 de mayo de 2016 durante la celebración de los 107 años de su fundación. 
Desde entonces, se institucionalizo el nombre oficial de la Escuela Superior de Guerra “General Rafael Reyes Prieto”.